Наряду с камеральной проверкой, представляющей собой главный инструмент контроля за деятельностью участников проекта Сколково, Фондом могут проводиться выездные проверки.
Периметр выездной проверки шире – в него входит проверка выполнения участников условий соглашений о предоставлении гранта. Кроме того, такая проверка предполагает выезд представителей Фонда Сколково по фактическому месту осуществления участником деятельности.